В середине XV века рядом с существующим ныне зданием храма располагалась армянская церковь Рождества Богородицы.
17 августа 1651 года в Киев ворвалось войско Януша Радзивилла, в результате чего армянская церковь была сожена — остатки её фундаментов были исследованы в 1975 году Киевской археологической экспедицией.
В 1685 году рядом с этим местом и была построена деревянная Покровская церковь. Эта церковь была разобрана, и на её месте построена новая каменная церковь, по проекту архитектора И.Г.Григоровича-Барского.
Относительно года строительства существует две версии: первая — 1772 год, вторая — 1766 год. Хотя обе версии документально обоснованны, современные историки и археологи склоняются ко второй.
Во время пожара 1811 года храм достаточно сильно пострадал. При восстановлении купола в стиле барокко, его заменили на купол в стиле классицизма, было также упразднено деление церкви на верхнюю и нижнюю, демонтировали лестницы у крылец. Декор фасадов был восстановлен лишь частично.
В 1824 году к западному фасаду пристроили двухэтажный объём новой теплой церкви.Крыльца с аркадой, выступающие на северном и южном фасадах, вели в верхнюю церковь.
В разное время Покровский храм использовали для разных целей.
С 1933 по 1946 годы в нём располагалось отделение Киевского областного архива.
С 1946 года тёплая церковь была передана в пользование православной общины.
В 1946 году и 1948 году храм ремонтировали. Вскоре храм полностью перешел к православной общине.
В 1950 году начался капитальный ремонт церкви, после которого значительно изменились конструкции куполов и кровли, были воссозданы цоколь и карнизы.
С 1969 года помещения храма арендовало украинское общество охраны памятников истории и культуры.Основной объём храма использовался под склады, а в тёплой церкви размещался производственный цех.
В 1970 годах в церкви проведены реставрационные работы, основанные на исторических справках об архитектурном ансамбле.
В 1981-1982 гг. храм снова реставрировали.
Википедия.
Покровская церковь на Подоле.